منذ اندلاع الحرب الأهلية في الصومال عام 1991م كانت البعثة متوقفة نتيجة لظروف هذه الحروب، وتدهور الأوضاع السياسية والأمنية خلال السنوات الماضية، وبعد أكثر من ثلاث وعشرين سنة تم افتتاح سفارة دولة قطر في مقديشو بتاريخ 13/7/2014م.